Основные направления деятельности Профсоюза формируются и принимаются Съездом — высшим руководящим органом Профсоюза, который собирается каждые 5 лет.
В период между съездами постоянно действующим выборным коллегиальным органом Профсоюза является Центральный комитет Профсоюза, который проводит свои заседания в форме пленумов, не реже 1 раза в год.
За выполнение решений Съезда и Центрального комитета Профсоюза отвечает Президиум ЦК Профсоюза.
В Профсоюзе важную роль играют 79 региональных организаций, которые объединяют членов профсоюза во всех 86 субъектах Российской Федерации.